Svantaggi

Non essendo un sistema commerciale, non esiste un vero servizio assistenza, anche se è possibile averlo a pagamento, in genere dalle case distributrici.

Il software commerciale disponibile per Linux è ancora scarso: spiccano il programma di videoscrittura WordPerfect, i programmi OpenOffice Applixware Office Suite, Staroffice della SUN.
I browser Netscape ed Opera con qualche plug-in, i data-base ADABAS ed Oracle, molto software IBM.

L'installazione del sistema può essere complessa, specie per computer di ultima generazione, anche se ormai molto aiutata dai programmi di configurazione forniti dalle case suddette.

La gestione del sistema richiede non indifferenti conoscenze tecniche.
La documentazione è abbondante, chiara e concisa, ma spesso solo in lingua inglese.

Un computer Linux ha fondamentalmente la stessa struttura di un grande server UNIX collegato su internet e destinato a gestire anche centinaia di utenti simultaneamente. Su un personal computer, tipicamente monoutente, tutta questa complessità va in gran parte sprecata.

Lo scambio di documenti con utenti Windows e Mac può essere difficoltoso.